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2019年10月10日，英国女王医学研究所N. C.Henderson和P. Ramachandran研究组在Nature上发表了题为“Resolving the fibrotic niche of human livercirrhosis at single-cell level”长文，对超过100,000个人类肝脏单细胞进行转录组研究，在单细胞水平以及分子水平对肝硬化的病理原因进行解析，为肝硬化治疗靶点所需的病理方面、分子机制以及细胞层面提供了重要理论依据。

首先，研究人员将健康与肝硬化人体肝脏细胞进行流式细胞分选并进行单细胞测序，构建了人体肝脏非薄壁细胞的单细胞图谱，将该单细胞测序数据库共享，以便对于健康人体与肝硬化肝脏细胞中基因表达差异进行比较。

对单细胞测序结果进行聚类分析后发现纤维化的肝脏细胞中TREM2+CD9+标记的巨噬细胞SAMΦ(1)和SAMΦ(2)数量增加。这些细胞既具有单核白细胞的特点又具有Kupffer细胞的特点。研究人员发现增加的SAMΦ巨噬细胞来源于单核细胞，并且在纤维化微环境中代表着终端分化的细胞状态。通过肝脏纤维化的小鼠模型也证实了SAMΦ的存在在物种之间的保守性，在肝脏疾病进展过程中同样具有预纤维化的特点。

总的来说，Henderson研究组通过使用单细胞测序以及空间上的对于细胞位置进行重构，对人类肝脏纤维化微环境进行了解析，鉴定出了具有致病性的TREM2+CD9+的巨噬细胞群体，ACKR1+PLVAP+内皮细胞群体以及PDGFRα+的成纤维细胞。而在细胞群类的相互作用组的研究中，鉴定出了与肝脏纤维化极为相关的信号通路，为潜在的医疗制药方面提供了可供参考的思路。该工作也进一步证实了单细胞转录组学对人体器官纤维化的细胞和分子基础进行解码的能力，为发现相关治疗靶标治疗广泛纤维化疾病的患者提供了概念框架。